Ved ganske bestemte typer medicin, skal man ikke give loppefrøskaller samtidig med medicinen. Der skal man give loppefrøskaller 1 time før medicin eller 2 timer efter. Dette pga. loppefrøskaller påvirker transit tiden i tarmen og dermed kan påvirke hastigheden af optagelsen på enkelte typer medicin.
Din dyrlæge kan oplyse dig om, hvilke typer medicin der ikke bør gives samtidig med loppefrøskaller.